同時(shí)，用最低價(jià)出線的原則讓眾多國(guó)內(nèi)企業(yè)拼殺，造成一些重要臨床用藥以低價(jià)中標(biāo)，但某些企業(yè)的中標(biāo)品種之前卻很少被臨床使用。在此情況下，醫(yī)生可能更愿意選擇原研藥，導(dǎo)致醫(yī)保費(fèi)用不降反升。

此外，投訴認(rèn)為，此次集采有縱容企業(yè)或個(gè)人利用招標(biāo)規(guī)則制定的漏洞不當(dāng)牟利，獲取高價(jià)中標(biāo)出線的機(jī)會(huì)，包括質(zhì)量層次的設(shè)定與劃分、評(píng)審分組、最終結(jié)果公示等。

根據(jù)《實(shí)施方案》，此次集采共劃分為4個(gè)層次。第一層次為專利保護(hù)期內(nèi)化合物專利、天然物提取物專利以及微生物及代謝物專利藥品；第二層次為已過保護(hù)期的專利藥品以及通過質(zhì)量一致性評(píng)價(jià)的仿制藥、出口藥等；第三層次為獲得國(guó)家自然科學(xué)獎(jiǎng)、國(guó)家技術(shù)發(fā)明獎(jiǎng)等的藥品制劑以及國(guó)家重大新藥創(chuàng)制專項(xiàng)藥品，以及增加了主要適應(yīng)證（等同或大于過期專利藥適應(yīng)證）且第一個(gè)獲得國(guó)家藥品監(jiān)督管理部門注冊(cè)批件的藥品；第四層次為其他通過GMP認(rèn)證藥品和進(jìn)口藥品。

中標(biāo)結(jié)果公布后，許多廠家申報(bào)的品種因進(jìn)入上述前三層次而獲得高價(jià)中標(biāo)，但其中有多個(gè)品種的資質(zhì)遭到投訴或質(zhì)疑。

例如，第三層次（一）明確，獲獎(jiǎng)對(duì)象是藥品制劑本身，獎(jiǎng)項(xiàng)內(nèi)容須含有報(bào)名藥品相關(guān)的特征性描述，不包括通用技術(shù)和其他通用研究成果的藥品。

湖南科倫申報(bào)的注射用哌拉西林他唑巴坦2.25g（2g：250mg）通過這一層次認(rèn)定，以19.9元/支的價(jià)格中標(biāo)，而海南美好西林生物制藥有限公司申報(bào)的同規(guī)格產(chǎn)品中標(biāo)價(jià)為6.8元/支，僅為其三分之一。

有多條投訴質(zhì)疑，湖南科倫提供的獲獎(jiǎng)證書為2008年12月3日的《抗生素代謝工程的基礎(chǔ)研究》，該獎(jiǎng)項(xiàng)屬于通用技術(shù)和其他通用研究成果。因此，湖南科倫申報(bào)的注射用哌拉西林他唑巴坦2.25g（2g：250mg）不應(yīng)該被認(rèn)定為第三層次（國(guó)家自然科學(xué)獎(jiǎng)）。不過，盡管受到多次投訴，經(jīng)湖南科倫方面申訴后，該產(chǎn)品仍被認(rèn)定為“國(guó)家獎(jiǎng)項(xiàng)”，獲得高價(jià)中標(biāo)。